Nach dem Rühren sollte der Honig umgehend abgefüllt werden. Der richtige Zeitpunkt ist wichtig. Während des Rührens sollte die Kristallisation des Honigs beginnen; im Glas sollte die Kristallisation enden. Ein fester, kristallisierter Honig ist nicht mehr fließfähig und kann nicht abgefüllt werden.

Honig, der nicht direkt in Honiggläsern abgefüllt werden soll, wird in luftdichten, lebensmittelechten Gefäßen gelagert. Ebenso, wenn ein Kunde ein größeres Gebinde bestellt hat, so wird der Honig nach dem Rühren in ein geeignetes Gefäß abgefüllt.

Das Abfüllen des Honigs muss vorbereitet werden. Dazu gehört das Reinigen und die Durchsicht der Gläser. Die Waage muss bereitgestellt und die Eichfrist überprüft werden.

Wird Honig nach einer Lagerung aus einem größeren Gebinde in Gläser abgefüllt, so muss er durch vorsichtiges Erwärmen darauf vorbereitet werden.

Sowohl das einzelne Honigglas als auch ein großes Verkaufsgebinde muss sorgfältig und den Bestimmungen und Verordnungen entsprechend etikettiert werden.