Fließt der Honig zum Reinigen durch Materialien, deren Maschenweite deutlich dichter ist, als die eines Seihtuchs, so spricht man von Filtrieren oder Filtern. Bei einem Filter spricht man meist von Poren und Porenweiten und nicht mehr von Maschen.

Fließt der Honig nach dem Schleudern durch das Doppelsieb oder ein Seihtuch, sollte man, um Missverständnisse zu vermeiden, nicht von Filtrieren sprechen.

Alle festen Partikel, also auch einzelne Pollenkörner, werden durch das Filtrieren entfernt. Gefilterter Honig darf laut Honigverordnung nur unter Bezeichnung Gefilterter Honig verkauft werden.

Das Filtrieren ist nach den Kriterien des Deutschen Imkerbundes nicht gestattet: dem Honig darf nichts hinzugefügt und nichts entzogen werden. Durch das Filtrieren werden Honig typische Stoffe entzogen. Nach dem Filtrieren ist der Honig nicht mehr naturbelassen.

Da der Pollen entfernt wird, ist ein Herkunftsnachweis des filtrierten Honigs durch eine Pollenanalyse (Melissopalynologie) unmöglich.