Frisches Wachs ist farblos, weißlich durchscheinend. Dies kann man an einem Naturwabenbau beobachten. Lange hält dies aber nicht an, dann wird das Wachs gelblich verfärbt. Nach ein oder zwei Jahren sind Waben goldgelb bis braun gefärbt.

Die Einlagerung und Lagerung von Honig führt zur Aufnahme von Farbstoffen, die aus Nektar und Honigtau stammen. Besonders schnell erfolgt die Einfärbung, wenn die Bienen in den Wabenzellen Pollen lagern. Pollenkörner enthalten vor allem in ihrer äußeren Hülle, der Exine, fettlösliche Farbstoffe. Diese Farbstoffe wandern in das Wachs und reichern sich an. Die mit der Lagerung von Honig und Pollen verbundene Einfärbung der Waben stellt kein hygienisches Problem dar.

Brutwaben

Brut hinterlässt Spuren in den Brutzellen. Die Larven geben vor der Verpuppung eine kleine Menge Kot ab. Beim VerPuppen spinnen sich die Larven in einen Kokon aus feinen Seidenfäden ein.

Die Brutzellen werden nach jedem Schlupf von den Putzbienen gründlich gereinigt und mit einer Mischung aus Speichel und Propolis desinfiziert. Die dünne Schicht des dunklen Propolis färbt die Zellwand mit jeder Reinigung mehr ein. Rest des Kokons verbleiben in der Brutzelle. Das innere Volumen der Brutzellen wird daher mit jeder Brut etwas kleiner. Diese Ablagerungen führen zu einer immer tieferen Färbung der Brutwaben.

Dieses abgelagerte Material bestehend aus Kot, Futterresten und Resten des Kokons stellt eine biologische Ressource, eine Nahrungsquelle, dar. Mikroorganismen und Parasiten kann es als Nahrung dienen.

Wachsmotten

Die Larven der Kleinen und Großen Wachsmotte leben in den Brutwaben der Honigbiene. Speziell die Kleine Wachsmotte kann lange Zeit unentdeckt werden, da sie sprichwörtlich in den Waben lebt. Die Larve bohrt Gänge durch die Wände der Brutzellen, bevorzugt unter verdeckelten Brutzellen. Sie bewegt sich dabei auf Höhe der Mittelwand und frisst die dort befindlichen Ablagerungen.

Bakterielle Infektionen

Vor allem die Kotreste zwischen den Resten des Kokons und der Wand der Brutzelle bilden einen guten Nährboden für verschiedene Bakterien. Hier können sich Krankheitserreger verbergen und lange Zeit überdauern. Einige Bakterien können Dauerstadien, Sporen, bilden. Sporen können, wenn auch inaktiv, jahrelang überleben. Keimen die Sporen aus, so bilden sie wieder aktive Bakterien. Hier zu gehört der Erreger der Amerikanischen Faulbrut, einer gefürchteten Bienenseuche. Wenn die Wabe eingelagert und später in ein anderes Volk gehängt wird, kann dort eine lange überwunden geglaubte Krankheit wieder ausbrechen.