Im Honig sind Eiweiße (Proteine) und freie Aminosäuren in kleinen Mengen zu finden. Werden Eiweiße und Aminosäuren zusammengezählt, dann liegt der Gehalt im Honig unter 1 g/kg also unter 0,1 %. Der tägliche Bedarf eines Erwachsenen liegt bei 56 g.

Die meisten Eiweiße fügen die Bienen dem Honig in Form von Enzymen zu. Enzyme sind Katalysatoren für biologische Prozesse. Es sind Eiweiße, die in jedem Lebewesen zu finden sind. Sie erleichtern die Umwandlung von Stoffen. Bei der Aufnahme von Nektar und Honigtau sowie beim Umtragen von unreifem Honig gibt die Biene aus der Futtersaftdrüse Enzyme zu. Sie sind für die Honigbereitung von Bedeutung. Es sind Glucosidase (Invertase), Amylase (Diastase) und Glucoseoxidase. Diese Enzyme sind im reifen Honig zu finden. Früher sprach man von Ferment statt von Enzym.

Nur wenige andere Eiweiße und wenige freie Aminosäuren kommen im Honig vor. Folgende Quellen sind möglich:

floraler und extrafloraler Nektar

Nektar aus Blüten enthält gelegentlich wenige, freie Aminosäuren. Extraflorale Nektarien produzieren mitunter einen Nektar, der reich an Aminosäuren und Eiweißen ist. Dies ist meist dann der Fall, wenn Ameisen in Symbiose mit der Pflanze und überwiegend vom extrafloralen Nektar leben.

Honigtau

Honigtau enthält mehr Eiweiße und freie Aminosäuren als der Nektar. Im Pflanzensaft des Phloems treten freie Aminosäuren auf. Im Honigtau entstehen zusätzliche Aminosäuren und Peptide als Produkte der Verdauungsprozesse im Darm der Honigtauerzeuger. Aminosäuren können unter leicht sauren Bedingungen chemische Bindungen mit den Zuckern eingehen. Diese Verbindungen sind wesentlich für Aroma und Farbe der Honigtauhonige.

Prolin

Prolin ist eine Aminosäure und stellt eine Ausnahme dar. Prolin kommt im Vergleich mit den anderen Aminosäuren vermehrt im Honig vor. Prolin wird von den Honigbienen gemeinsam mit den Enzymen zugesetzt. Reifer Honig enthält normalerweise mehr als 200 mg Prolin pro 1 kg Honig.