Ein abweichender Wassergehalt kann unterschiedliche Gründe haben und zu unterschiedlichen Folgen führen. Der Wassergehalt entscheidet über die Konsistenz und die Haltbarkeit des Honigs.

Ein sehr niedriger Gehalt an Wasser führt zu einem sehr festen Honig. Honige mit weniger als 14 % Wasser sind extrem zäh und werden nur langsam kristallisieren. Trockene Honige neigen während der Lagerung zur Blütenbildung. Der Effekt wird verstärkt, wenn in einem sehr trockenen Raum gelagert wird und einzelne Gläser nicht 100 % dicht sind.

Wird Honig über längere Zeit gelagert, so kann es zu einer Entmischung kommen. Das Honiglager sollte deshalb regelmäßig kontrolliert werden. Flüssige und feste Bereiche grenzen sich bei einer Entmischung ab. Oben im Glas bildet sich eine flüssige Phase; darunter setzen sich die kristallinen Anteile ab. Diese Phasentrennung kann entstehen, weil der Honig bereits bei der Ernte einen zu hohen Wassergehalt hatte oder weil der Honig während der Aufbereitung und Lagerung Wasser aufgenommen hat. Trockene Räume und dicht schließende Gebinde können dem vorbeugen.

Bei einem hohen Wassergehalt ist der Honig nicht ausreichend gegen das Wachstum von Keimen geschützt. Es kann zum Wachstum von Hefen kommen, die dann den Honig in Gärung bringen und verderben. Honige, bei denen es zur Phasentrennung kommt, sind ebenfalls gefährdet, weil die obere, flüssige Phase immer einen erhöhten Wassergehalt aufweist.