Das Bannwabenverfahren ähnelt von der Idee her dem Schneiden der Drohnenbrut. Allerdings wird ein radikalerer Ansatz verfolgt. Es wird für eine begrenzte Zeit die gesamte, verdeckelte Brut des Bienenvolkes entnonmen. Die Vermehrung und damit die Entwicklung des Volkes kommt zum Stillstand.

Der Vorteil des Bannwabenverfahrens ist, dass ein höherer Prozentsatz der Varroamilben entfernt wird, als dies beim Drohnenschneiden erreicht wird. Nur die Milben, die sich über längere Zeit in der phoretischen Phase auf den Arbeiterinnen und Drohnen befinden, bleiben im Volk. Das Verfahren wird üblicherweise im Mai und Juni angewandt.

Die Brutwabe wird zur Bannwabe, da die Königin zeitweise auf diese Wabe verbannt wird. Dazu werden Absperrgitter, durch die Königin nicht, die Arbeiterinnen aber sehr wohl passieren können, verwendet. Die Leerwabe wird auf beiden Seiten mit den Absperrgittern versehen und die Königin auf diese Wabe gesetzt. Die Königin kann jetzt nur Zellen auf dieser Brutwabe bestiften.

Ist eine Bannwabe bestiftet, so wird sie durch eine neue Leerwabe ersetzt. Die erste Bannwabe bleibt so lange im Brutnest bis die Brutzellen verdeckelt sind. Diese Wabe mit Brut ist jetzt der einzige Ort, an dem die Varroamilben Brut infizieren und sich vermehren können. Sind die Brutzellen auf dieser Wabe verdeckelt, so wird die Wabe entfernt und vernichtet.

Der gesamte Prozess wird dreimal wiederholt. Dies bedeutet eine Brutlücke im Mai / Juni von etwa 4 Wochen.