Die Varroamilbe muss atmen, sich ernähren und Abbauprodukte ausscheiden. Entsprechend kann man die inneren Organe der Milbe einteilen.

Atmungsorgane

Die Körperflüssigkeit, Hämolymphe, spielt beim Gasaustausch keine Rolle. Ein stark reduziertes System von Tracheen, Röhren, sorgt für den notwendigen Gasaustausch. Der Gasaustauch erfolgt über Atemöffnungen (Stigmen). Typisch für eine Raubmilbe (Mesostigmata) ist, dass die Varroamilbe nur ein Paar von Stigmen besitzt. Jeweils eine Atemöffnung befindet sich auf den Seitenplatten.

Verdauungstrakt

Der Verdauungstrakt ist recht kurz. Die Nahrung der Milbe ist bereits weitgehend aufgeschlossen, so dass kaum Verdauungsprozesse notwendig sind. Es findet hauptsächlich die Resorption, die Aufnahme der Nährstoffe, aus der Hämolymphe statt.

Exkretionsorgane

Die Nahrung, Hämolymphe der Biene, der Milbe ist reich an Peptiden und Aminosäuren. Die Milbe nimmt damit mehr Stickstoffverbindungen auf, als sie für ihren eigenen Stoffwechsel benötigt. Wichtig ist daher ein Abgabe, Exkretion, der überschüssigen Stickstoffanteile. Als Exkretionsorgan besitzt die Milbe und ihre Nymphenstadien Malpighische Gefäße. Die Malpighischen Gefäße sind schlauchartige Gebilde, die bei den Milben in den Mitteldarm münden. Das überwiegende, stickstoffhaltige Abbauprodukt der Milben ist Harnsäure. Harnsäure ist schlecht wasserlöslich. Die Malpighischen Gefäße geben die Harnsäure daher in kristalliner Form in den Darm ab. Der Darm scheidet deshalb einen typisch weißlichen Kot aus.