Der Prozess des Filterns schließt sich an die eigentliche Honigernte an. Dabei fließt der Honig durch einen Filter. Ein Filter ist ein engporiges Material, das feinste Partikel zurückhält. Typisches Beispiel für einen Filter ist der Kaffeefilter aus Papier.

Durch den Filter werden dem Honig anorganische und organische Stoffe entzogen. Der Honig ist dadurch im engeren Sinne nicht mehr naturbelassen. Gefilterter Honig ist von minderer Qualität. Durch das Filtern wird der Honig fließfähiger und ermöglicht der Lebensmittelindustrie unterschiedliche Verpackungsformen.

Im Filter verbleibt auch der Pollen. Damit wird eine Herkunfts- und Sortenbestimmung des Honigs erschwert. Gefilterter Honig darf nach dem Qualitätsstandard des Deutschen Imkerbundes nicht die Bezeichung „Echter Deutscher Honig“ tragen. Gefilterter Honig muss laut Honigverordnung die Verkehrsbezeichnung „gefilterter Honig“ tragen; er darf nicht als „Honig“ bezeichnet werden.

Wird Honig mit gefiltertem Honig verschnitten, so muss die Mischung entsprechend gekennzeichnet werden. Der Honig darf in diesem Fall keine herauslobende Bezeichnung, wie z. B. Sortenhonig, tragen.

Filtern darf nicht mit Sieben verwechselt werden. Sieben ist Teil der normalen Honigbearbeitung. Der Honig fließt dabei durch ein Sieb mit einer Maschenweite von etwa 200 μm. Pollen und alle anderen Inhaltsstoffe bleiben im Honig.

Honig, der gewonnen wird, indem anorganische oder organische Fremdstoffe so entzogen werden, dass Pollen in erheblichem Maße entfernt werden

(Zitat Honigverordnung Anlage 1, Abschnitt II)