Zu den wasserlöslichen Rückständen gehören Arzneimittel, Insektizide, Herbizide, Fungizide und pflanzliche Gifte sowie Schwermetalle. Diese Stoffe können sich direkt im Honig einlagern.

Bei der Anwendung von Arzneimitteln müssen die Vorschriften und Wartezeiten beachtet werden. Die Mittel müssen abgebaut sein, bevor wieder Honig geerntet werden darf. Jedem Arzneimittel liegt ein Zettel zur richtigen Anwendung und mit der Angabe von Wartezeiten bei. Diese Anweisungen müssen unbedingt befolgt werden.

Der zweite, unkontrollierte Weg ist der Eintrag von außen durch das Einbringen der Tracht. Honig, Pollen und Wasser können durch Pflanzenschutzmittel und andere Umweltgifte verunreinigt sein. Hier ist die gute Beobachtungsgabe und Aufmerksamkeit des Imkers und der Imkerin gefragt. Was passiert im weiteren Umfeld der Bienenstöcke? Werden Spritzmittel ausgetragen? Findet man vermehrt verendete Tiere im Umfeld? Im Verdachtsfall muss eine Probe des Honigs analysiert werden, bevor er in den Verkauf gelangt.