Als Hauptwirkstoffe von Propolis gelten die in Harz und Pollenbalsam enthaltenen Flavonoide. Diese können die Synthese bestimmter Gewebshormone, der Prostaglandine, hemmen. Eine überschüssige Bildung der Prostaglandine kann allergische, entzündliche und schmerzhafte Reaktionen im Körper auslösen. Mit dieser Blockade der Synthese der Prostaglandine lässt sich auch die lokal betäubende Wirkung von Propolis bei Zahnschmerzen und Insektenstichen erklären.

Auch die ätherischen Öle wirken gegen Bakterien, Viren und Pilze.

Die Volksmedizin nutzt Propolis seit Jahrhunderten. Wichtig für eine gute Wirksamkeit ist, dass eine standardisierte Zubereitung eingesetzt wird. Damit ist ein gereinigter Propolisextrakt mit konstanten Gehalten an wirksamen Inhaltsstoffen gemeint. Es sollten mindestens 5 % Flavonoide und 6 % phenyl-substituierter Karbonsäuren enthalten sein. Außerdem sollte die Ware auf Rückstände von Pestiziden und andere Schadstoffe überprüft sein.

Innerlich wird Propolis bei Erkrankungen der Atemwege, Entzündungen der Nasenschleimhaut, Schnupfen und generell zur Aktivierung des Immunsystems angewendet. Äußerliche Anwendungen sind die Wundbehandlung, speziell Schnitt- und Schürfwunden, Entzündungen der Mundhöhle und des Rachenraumes, Herpes simplex und Pilzerkrankungen.

5-10 % der Menschen besitzen eine Allergie gegen Propolis. Daher sollte man bei einem Erstkontakt einen kleinen Allergietest machen. Dazu bringt man den Unterarm mit einem Tropfen Propolistinktur in Kontakt. Treten an der Stelle Hautreaktionen auf ( z. B. Juckreiz), so ist der Test positiv. Es liegt mit hoher Wahrscheinlichkeit eine Propolis-Allergie vor.