Unter Wabenhygiene versteht man in der Imkerei die laufende Erneuerung der Waben. Eine Wabe sollte nicht älter als zwei bis drei Jahre werden.

Alte Waben sollten regelmäßig bei der Völkerpflege im Spätsommer entfernt werden. Die ältesten Waben sollten immer in der untersten Zarge hängen. Bei einem Wirtschaftsvolk auf zwei Zargen kann im August die untere, dann meist brutfreie Zarge komplett entfernt werden. Bei einem starken Volk kann anschließend eine Zarge mit Leerwaben aufgesetzt werden, um Raum für das Einlagern des Futters zu schaffen. Im Frühjahr werden die Völker durch Honigräume mit Leerwaben und Mittelwänden erweitert.

Alles, was die Bienen mit Pollen und Nektar eintragen, sammelt sich in den Waben an. Vor allem fettlösliche Substanzen (Pollenöl) gehen teilweise in das Bienenwachs über und können sich dort anreichern. Weiterhin könenn sich fettlösliche Wirkstoffe der Varroabekämpfung und andere Medikamente sowie der Abbauprodukte im Wachs einlagern und anreichern. In Brutzellen lagern sich zusätzlich Reste der Puppenhaut und Kot ab. Einmal Brutwabe, sollte eine solche Wabe nicht mehr als Honigwabe eingesetzt werden.

Ältere Waben mit Resten von Pollen und Brutnestern sind ein gefundenes Fressen für Wachsmotten. Mikroorganismen können sich auf den Kotresten vermehren. Wabenhygiene bedeutet Vorbeugen.